A floresta amazônica abriga cerca de 130 das 150 espécies de morcegos encontradas em nosso país. Estes animais normalmente possuem uma imagem popular negativa em virtude de seus hábitos noturnos e de algumas poucas espécies terem hábitos hematófagos, ou seja, se alimentarem de sangue.
O conhecimento dos costumes desses animais ainda é limitado. Como apresentam uma grande quantidade de espécies, os morcegos têm hábitos alimentares variados. Normalmente acabam interagindo com uma grande variedade de organismos da floresta, alimentando-se de frutos, folhas, pólen, néctar, insetos, pequenos vertebrados como peixes, sapos, lagartos, pequenos roedores e até mesmo outros morcegos.
Os morcegos estão entre os principais disseminadores de sementes em florestas tropicais. Estima-se que as espécies frutívoras podem comer os frutos e dispersar as sementes de cerca de 100 gêneros diferentes de plantas em 49 famílias. Além disso, eles também são responsáveis por polinizar cerca de 590 tipos de plantas diferentes. Isso faz com que os morcegos sejam um dos grupos de animais ecologicamente significativos.
Devido a seus diversos tipos de vegetação, a floresta amazônica é dividida em duas partes: o dossel, a parte onde estão as copas das árvores altas, tendo espécies que chegam a até 60 metros de altura, e a parte onde se encontra as plantas de menor porte, arbustos e palmeiras, que é chamada de sub-bosque. Existem espécies de morcegos que habitam preferencialmente o dossel, outras o sub-bosque e ainda há algumas espécies que trafegam pelos dois níveis da floresta sem ter preferência.
Com a degradação da floresta amazônica, seja para extração da madeira ou para criação de monocultura ou pastos, é de essencial importância saber como esse grupo de animais é perturbado. Em um processo interligado, caso os morcegos sejam atingidos de forma negativa, devido à exploração desordenada da floresta, o seu papel ecológico de dispersão e polinização da floresta também será afetado de forma a alterar a dinâmica e a regeneração da floresta.
Levando em consideração os poucos locais da Amazônia que tiveram a sua fauna de morcegos estudada, é possível que ainda haja mais espécies de morcegos novas que ainda não foram catalogadas. Se estendermos esse pensamento para as outras espécies, notamos que conhecemos apenas uma parte do imenso ecossistema da floresta amazônica. Concatenando isso com o acelerado desmatamento cria-se a possibilidade de espécies serem extintas antes mesmo de serem descobertas.
É da maior importância que sejam tomadas medidas para se evitar a degradação do habitat natural dos morcegos preservando a sua existência e a da própria floresta, pois os mesmos contribuem de forma significativa para a sua perpetuação.